È l’antica Cale che sotto il dominio bizantino (sec. VI) fu uno dei capisaldi (insieme con Gubbio, Urbino, Fossombrone e Jesi) della Pentapoli interna o montana. Le sue origini, comunque, sono molto più antiche come testimoniato da numerosi reperti, tra i quali i noti bronzetti etrusco-italici (IV sec. a.C.), scoperti tra i resti di un santuario pagano, insieme con la cosiddetta ‘testa di Cagli’. Come città Cagli è già annoverata nell’atto di donazione del re Pipino il Breve a favore della Chiesa romana (anno 756). Si tratta della stessa città parzialmente distrutta dal fuoco appiccato dalla fazione ghibellina per sottrarla al potere della fazione guelfa (1287). Sotto la protezione di Papa Niccolò IV fu traslata appena due anni dopo (1289) dalle propaggini del monte Petrano e ricostruita nel sottostante pianoro, inglobando gli edifici religiosi e civili preesistenti che ne costituivano il borgo.